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为解决长链RNA二级结构预测面临的计算压力，分析了当前基于最小自由能预测RNA二级结构的相关串行、并行算法，提出了一种基于CUDA（compute unified device architecture）编程模型的并行加速算法。在实现时充分利用了支持CUDA编程模型的GpU（graphic processing unit）设备中的共享存储器、常量存储器等硬件，对RNA二级结构预测算法中的动态规划进行了有效的并行。实验结果表明，在支持CUDA编程模型的GPU上实现的并行程序，获得了与已有的串行、并行算法相同