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海基会代表台湾当局授权处理两岸事务，负责两岸交流、两岸协商与谈判等。海基会从成立以来一直保留了民间团体的属性，不属于政府体系一部分，在政治功能扩大的前提下，导致政治结构与政治功能产生了尖锐的冲突，同时，海基会与“陆委会”等其他政府机构之间也存在结构功能的冲突。在海基会的历史演变过程中，海基会逐渐产生出一种结构性的困境，这也对今后两岸关系的发展带来了挑战。