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鱼类生活的环境和鱼类消化道中存在着大量的微生物，在鱼类生长发育过程中，鱼类消化道逐渐形成了一个由好氧菌、兼性厌氧菌和绝对厌氧菌组成的动态正常菌群。正常情况下，鱼类消化道的各种微生物生长良好，占主导优势的有益微生物菌群能使消化道处于健康环境中，从而保证鱼类消化道的正常消化和吸收。同时，有益微生物菌群定殖于肠内壁黏膜，形成非特异性的生物保护屏障，抑制病原菌对肠壁的定殖，维持肠道正常的微生态平衡。