【摘 要】
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目的:基于高良姜转录组测序数据筛选和分析高良姜差异表达基因.方法:采用FPKM方法计算测序所得Unigene在高良姜叶、茎和根茎三个组织中的表达量,并根据三个组织两两之间FPKM
【机 构】
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广东医科大学,广东湛江524023
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目的:基于高良姜转录组测序数据筛选和分析高良姜差异表达基因.方法:采用FPKM方法计算测序所得Unigene在高良姜叶、茎和根茎三个组织中的表达量,并根据三个组织两两之间FPKM表达量的log2倍数绝对值大于1及错误发现率小于0.05为标准进行DEG筛选.将DEG映射至Nr、GO和KEGG等蛋白质数据库进行功能注释,基于注释信息挖掘高良姜萜类生物合成关键酶基因,并分析其在不同组织中的表达差异.结果:从高良姜叶与根茎、叶与茎以及茎与根茎之间分别筛选出9 020、7 082、604个DEG,分别有6 011、4 888和330个DEG在GO数据库获得注释信息,分别有2 484、1 808和155个DEG在KEGG数据库得到注释,这些DEG主要集中在与产物代谢合成相关生理过程和途径.挖掘到9个萜类生物合成途径关键酶基因,这些基因在根茎中的表达量均高于在叶片中的表达量,提示高良姜萜类成分的合成在根茎中活跃于在叶片中.结论:本研究系统地分析了高良姜不同组织中基因的表达差异,为高良姜萜类药效成分生物合成等基因克隆和功能分析及其应用研究奠定了数据和理论基础.
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