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蛋白质结构比对对理解蛋白质功能和进化关系非常重要。提出一种基于蛋白质残基的二面角的结构比对算法。通过动态时间规整算法比对二面角序列，来比较蛋白质的结构，拟合两蛋白结构距离的分布后，利用p-value来评价比对的好坏。主要结果有：利用动态时间规整算法计算得出的结构距离是一个很好的蛋白质结构相似性度量；结构距离服从参数为μ=94．7697，σ=41．5837，ξ=0．1925的广义的极值分布；和其他结构比对算法相比，该算法比CTSS的搜索结果要好。