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采用RT-PCR方法从新疆临床发病猪场采集的病料中扩增了CSFV流行株E2基因的主要抗原位点编码区,测定了15株CSFV的核苷酸序列.应用DNAstar计算机软件对6个地区6个代表株CSFV的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行了比较分析,结果表明:新疆6株CSFV流行株与猪瘟兔化弱毒株(C株)核苷酸序列的同源性为80.9%～82.8%,氨基酸的同源性为86.2%～88.3%,说明新疆CSFV流行株E2基因发生了部分变异,与疫苗株相比抗原性产生一定的差异.