马厂箐铜钼(金)矿床是金沙江-哀牢山构造带内与喜马拉雅期富碱侵入岩有关的典型的斑岩型矿床之一,其铜钼(金)矿(化)体在空间上与花岗斑岩紧密相伴,且主要位于花岗斑岩脉(体)的上、下盘。花岗斑岩内发育有具斑岩型矿化特征的细网脉状、浸染状矿化,其上盘的(似)斑状花岗岩和下盘的向阳组围岩内均发育有脉状、细脉状矿化,且总体表现出向接触带附近花岗斑岩倾斜的特点。(似)斑状花岗岩中的矿化脉体北倾,围岩地层中的矿化脉体南倾。花岗斑岩脉(体)上、下盘的矿化脉体表现出越靠近接触带(花岗斑岩脉体)蚀变矿化越强、矿化体的规模越大、出现的频率越高,而远离接触带(花岗斑岩脉体)则蚀变矿化越弱、矿化体的规模越小、出现的频率越低。铜钼(金)的成矿时代与花岗斑岩的成岩时代较为一致,其同位素年龄集中在34～36Ma。花岗斑岩含有源于富集地幔的镁铁质暗色微粒包体,并发育浸染状的黄铁矿化、磁铁矿化。暗色微粒包体及其寄主岩(花岗斑岩)具有同源性,且与壳-幔岩混合作用及成分分异有关,具有提供成矿物质、成矿流体的基础。因此,该区的铜钼(金)成矿与花岗斑岩有关。