COL8A1表达与上皮性卵巢癌进展和预后关系分析

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目的 上皮性卵巢癌(epithelial ovarian cance,EOC)通常发现时已为晚期,死亡率高,其潜在分子机制尚不清楚.本研究旨在通过生物信息学分析阐明COL8A1与EOC进展和预后的关系.方法 从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)下载基因表达谱GSE49997,鉴定EOC进展中的候选基因.检测ECOC患者的组织样本204份,以识别差异表达基因(differentially glycol sucinate,DEGs),然后进行生存、独立预后和临床相关性分析,进一步筛选出40个基因表达差异基因.利用互作基因检索(search tool for recurring instances of neighbouring genes,STRING)数据库检索工具构建蛋白-蛋白互作网络(protein&protein interaction,PPI).采用Cytoscape的MCODE插件进行基因功能模块分析并验证所筛选Hub 基因.对Hub基因进行独立预后分析和临床相关性分析,再进行功能富集分析,包括基因本体论(gene ontology,GO)功能和京都基因及基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)途径.结果 COL8A1被认为是所有候选基因中最有希望的分子之一,其中KM和Cox法测得COL8A1的P值分别为0.000 82和0.000 70.GO富集结果显示,细胞外基质组织及细胞外结构组织在COL8A1高表达的表型通路中有差异富集.KEGG通路富集结果显示,COL8A1高表达的EOC组织中,与PI3K-Akt和focal adhesion信号通路相关的基因集显著富集.结论 COL8A1高表达患者总生存率降低,COL8A1表达与临床特征相结合可预测EOC预后,特别是在预测复发方面具有重要应用价值.
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