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【目的】探讨降钙素原（PCT ）、C反应蛋白（CRP）在小儿早期病毒性和细菌性呼吸道感染鉴别诊断中的价值。【方法】选取本院2015年1月至2016年1月收治的经外周血、咽拭子、痰液三种标本进行细菌培养确诊的呼吸道细菌感染患儿180例（细菌组）及经呼吸道常见病毒核酸检测确诊的病毒感染患儿120例（病毒组）作为研究对象，选取同期健康儿童100例作为对照组，比较三组入院时的外周血 PCT、CRP水平。【结果】细菌组的PCT、CRP水平显著的高于病毒组和对照组；病毒组患儿的PCT、CRP水平显著的高于对照组，且差异均具有统计学意义（ P ＜00．5）。细菌组的PCT、CRP诊断阳性率分别为（744．4％）、（677．8％）显著的高于病毒组的（83．3％）、（17．50％）和对照组的（70．0％）、（9．00％），且差异具有统计学意义（ P ＜0．05）。PCT鉴别诊断细菌感染的灵敏度为842．1％、特异度为850．3％、ROC曲线下面积Auc为08．62；CRP诊断细菌感染的灵敏度为893．6％、特异度为679．8％、ROC曲线下面积Auc为08．14；PCT＋ CRP诊断细菌感染的灵敏度为942．8％、特异度为926．1％、ROC曲线下面积Auc为09．40。【结论】PCT在鉴别诊断细菌感染方面略优于CRP ，二者联合检查鉴别诊断小儿细菌、病毒感染具有更高的临床价值。