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目的了解四川部分地区断奶前奶牛犊隐孢子虫感染情况及其分子特征。方法 2016年6月至2017年3月在四川省10个地区的11个奶牛场(规模化养殖7个,散养4个)采集1月龄内断奶前牛犊的新鲜粪样。采用改良饱和蔗糖溶液漂浮法处理粪样,提取粪样DNA,巢式PCR扩增隐孢子虫小亚基核糖体核苷酸(SSU r RNA)基因,以扩增阳性数计算隐孢子虫感染率,分析不同养殖模式感染率差异。感染率间的比较采用卡方检验。SSU r RNA基因测序后提交GenBank中进行BLAST比对,鉴定扩增序列所属的虫种,采用MEGA 7邻接法构建基于SSU r RNA基因的系统发育树。对SSU r RNA序列比对确定为微小隐孢子虫的样品,扩增相对分子质量(Mr)为60 000的糖蛋白基因(gp60),鉴定基因亚型。结果共调查牛犊278头,采集粪样278份。SSU r RNA基因检测隐孢子虫阳性40份,总感染率为14.4%。11个养殖场中10个存在隐孢子虫感染,其中感染率最高为绵阳1场,为35.7%(10/28),其次为阿坝(35%, 7/20)和资阳(30.8%, 8/26),最低为眉山(0)。10个检测阳性的养殖场牛犊的感染率差异有统计学意义(P <0.05)。规模化和散养养殖场的牛犊感染率分别为17.4%(34/195)和7.2%(6/83)(P <0.05)。隐孢子虫感染阳性的共40头牛犊中,感染牛隐孢子虫、微小隐孢子虫、瑞氏隐孢子虫分别为28、 7、5头。40条隐孢子虫序列剔除相同的序列后共获得10条序列(ABC881、 AYC6953、 AYC6969、 CDC16111、CDC16117、 DYC014、 MYC116、 MYC117、 MYC126、 ZYC6874, GenBank登录号:MF671870至MF671879)。序列比对结果显示,AYC6953、 AYC6969、 CDC16117、 ZYC6874序列与牛隐孢子虫(JX515546)一致性均为99%; DYC014序列与瑞氏隐孢子虫(HQ179574)一致性为99%; MYC126与牛隐孢子虫(JX416366)一致性为99%; ABC881与微小隐孢子虫(AH006572), CDC16111与瑞氏隐孢子虫(HQ179574), MYC116与牛隐孢子虫(HQ179573), MYC117与牛隐孢子虫(MH166335)的一致性均为100%,在系统进化树上显示为同一分支。7份鉴定为微小隐孢子虫样品的gp60基因亚型分析结果均为ⅡdA15G1,与已报道的宁夏分离株(KM067092)一致性为100%结论四川省部分地区断奶前牛犊存在隐孢子虫感染,感染虫种为牛隐孢子虫、微小隐孢子虫、瑞氏隐孢子虫。