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基于中国19个主要城市的研发投入产出数据,应用主成分聚类分析方法,对中国主要城市的自主创新层次结构作了划分,并从城市群组合的角度构建了中国三大创新区域,即环渤海创新区、长江流域创新区和珠三角创新区,三大创新区的领头城市分别为北京市、上海市和深圳市。研究结果为构思中国自主创新转型的区域路径提供了基本方向。