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[目的]探索三级医院投入与产出的效能变化及影响因素,为公立医院绩效考核和卫生资源配置与调控提供参考。[方法]运用Malmquist指数模型对四川省三级医院效能投入产出指标进行综合评价与因素分析。[结果]四川省三级医院生产效率呈下降趋势,2009-2018年三级医院投入产出全员要素生产率指数有效提升4.0%,2017-2018年生产率指数下降3.3%。[结论]四川省三级医院技术变化和技术效率共同影响生产率指数的变化,技术变化指数的提升仍然是TFP提高的主要因素。