【摘 要】
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从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP分子标记.检测了6只动物共计274278568条unigene(总长度43138417bp)序列信息后,在262980条unigene(5.75％)中发现SNP位点263071个,S
【机 构】
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中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,云南昆明650118云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,云南昆明650118云南省科学技术院,云南昆明650118
【出 处】
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2017年第十五届中国北方实验动物科技年会
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从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP分子标记.检测了6只动物共计274278568条unigene(总长度43138417bp)序列信息后,在262980条unigene(5.75％)中发现SNP位点263071个,SNP发生频率为1/164bp,其中转换(transition)177562个,颠换(transversion)85509个.在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达33.85％和33.66％.将包含SNP位点的262980条unigene通过参比序列进行注释,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGGpathway),结合已有研究,分别筛选到1187个有GO注释、77个有COG注释和1080条个有KEGG通路注释的脂肪转录组中的可能与脂肪形成和代谢有关的SNP标记.
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