春兰（Cymbidium goeringii）是一种具有较高经济价值和观赏价值的地生兰。由于栖息地的严重破坏，大多数地生兰处于濒危状态，根系与微生物的共生关系伴随着兰科植物从种子萌发到开花结果，因此根系内生微生物在地生兰生活史中具有重要作用。【目的】本研究分析了野生春兰根系内生菌群落组成与潜在功能，为春兰的人工保育提供理论依据。【方法】采集云南昆明、保山和大理的野生春兰的根系，利用宏基因组测序，并进行物种注释及功能注释。【结果】保山的春兰根内微生物丰度及多样性大于大理及昆明的春兰样品，春兰根系内生真菌的优势门为担子菌门（Basidiomycota）、子囊菌门（Ascomycota）和球囊霉门（Glomeromycota），优势科为球囊霉科（Glomeraceae）、多孔菌科（Polyporaceae）和角担菌科（Ceratobasidiaceae），其中角担菌科（Ceratobasidiaceae）是春兰主要的兰科菌根真菌（orchid mycorrhizal fungi， OMF）；内生细菌的优势门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes），优势科为韦荣球菌科（Erysipelotrichaceae）、Cyclobacteriaceae和醋酸杆菌科（Acetobacteraceae）；内生古菌的优势门为广古菌门（Euryarchaeota）和奇古菌门（Thaumarchaeota），优势科为钠白菌科（Natrialbaceae）；病毒以花椰菜花叶病毒科（Caulimoviridae）为主。春兰根系内生菌的功能在KEGG数据库主要被注释到新陈代谢（metabolism）和遗传信息加工（genetic information processing）两大通路，PHI数据库注释提示，镰孢属（Fusarium/Gibberella）、巨座壳属（Magnaporthe）和曲霉属（Aspergillus）可能成为野生春兰潜在病原菌。【结论】本研究明确了云南省三地区野生春兰根系内生菌主要类群，首次发现了春兰根系中有球囊霉科真菌定殖，并对内生菌群进行功能注释分析，为野生春兰保育、人工幼苗菌根化及病害防治提供理论依据。