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随着对农业科研重视程度的不断提高，农业科研项目数量和投入经费不断增加，在农业科研持续发展和科研成果不断涌现的同时，农业科研内控的风险也在增加，如果不加强内部管理控制，必将严重影响到农业科研单位的运行安全。文章在对农业科研单位内部控制必要性研究的基础上，剖析了目前农业科研单位内控机制方面存在的主要问题和薄弱环节，并提出了增强内控意识、完善内控制度体系、提高内控制度执行力、增强业务操作的透明度等具体的强化措施，以期为农业科研单位运行安全提供借鉴。