应用二代测序技术检测肝细胞癌组织样本中抑癌基因PTEN基因启动子甲基化率

来源 :中华预防医学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hummerandy
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目的

旨在采用二代测序(NGS)的技术平台检测肝细胞癌(HCC)组织样本中肿瘤抑制基因第10号染色体缺失的磷酸酶和张力蛋白同源等位基因(PTEN)基因启动子区的甲基化率,并对其与接受索拉非尼治疗患者预后相关性进行分析。

方法

2019年6月至2020年12月期间,对在解放军总医院第五医学中心收集和保存的52例单纯接受索拉非尼治疗患者的HCC成对肿瘤组织与癌旁组织样本,提取样本中的总DNA样品;使用亚硫酸氢盐处理DNA样品并设计特异性引物对PTEN启动子区进行扩增,进一步对扩增产物进行二代测序分析。在对PTEN甲基化的临床意义分析中通过log-rank统计学分析方法计算患者组间生存期是否具有统计学差异。

结果

肿瘤组织中PTEN启动子区甲基化率(29.17%±9.58%)显著高于癌旁组织(4.17%±2.86%)(t=19.970,P<0.05)。同时,在HCC组织中,PTEN启动子区甲基化率与其表达负相关(F=47.270,P<0.000 1;Y=-1 800×X+38.03),PTEN甲基化率与患者接受分子靶向药物索拉非尼治疗的预后负相关(χ²=4.313,P<0.05)。

结论

本研究成功建立了新型PTEN启动子区甲基化的检测方法,PTEN甲基化率可能是HCC诊断及靶向治疗的靶标之一。

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