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番茄黄化曲叶病毒为一Begomovirus 联体病毒.在中国番茄黄化曲叶病毒(TYLCV-CHI)中发现并证实了与TYLCV-CHI 有关的一些小环状DNA分子的存在.这些小环状DNA分子的大小为TYLCV-CHI DNA A全长基因组的一半,1.2～1.4 kb左右.序列分析表明,这些小分子序列中间均有一段未知来源的DNA片段插入.分子杂交证实这些未知来源的DNA片段既不与DNA A同源也不与DNA B同源,可能是病毒DNA与植物DNA重组后形成的.不同的小环状 DNA分子有不同的未知序列插入,但它们均含有TYLCV-CHI DNA A的大基因间隔区及部分的AC1基因,然而它们并不含有完整的开放阅读框.