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主体功能区规划旨在根据区域资源环境承载能力,形成主体功能定位清晰的区域协调发展格局。但面对缩小不同功能区之间的差距、保障限制开发区和禁止开发区的利益、使地方政府行为自觉符合主体功能区要求等难点,主体功能区规划并不能自动解决区域发展中出现的经济发展与资源环境不协调、产业结构不协调、经济关系不协调和空间结构不协调等问题,需要财政、投资与产业、土地、人口和政绩考核等系列配套政策支持。