台湾鸟会的一项贡献是游说政府将重要的野鸟自然栖息地划设为保护区，并进一步协助政府建构鸟类保护地为赏鸟旅游的热点。
　　每年10月至翌年4、5月，候鸟黑面琵鹭(黑脸琵鹭)便会从北方飞到台南市七股区附近越冬。由于七股工业区及滨南工业区等开发案可能导致黑面琵鹭栖息环境的破坏，经台南鸟会与“中华鸟会”以及诸多当地保育团体的奔走努力，2002年催生了七股300公顷的“黑面琵鹭保护区”。地方政府复于该地设置数座赏鸟亭及生态解说牌，分别交由当地的保育团体管理。保育团体负起为游客介绍黑面琵鹭及河口湿地生态的责任，同时就近进行黑面琵鹭的定期调查与观测工作。由于当地保育工作做得彻底，每年来台度冬的黑面琵鹭族群数量持续上升，在2010年甚至高达1280只，为全球总种群数的一半以上。每到冬季，总是吸引大量岛内外的鸟人到此观赏全球稀有的黑面琵鹭。2009年12月25日，七股黑面琵鹭保护区与邻近的四草保护区一同并入台江自然公园中。
　　位于台北盆地西北端的关渡自然公园，含括大片的草泽、水塘、水笔仔纯林、河口泥滩地，生物资源丰富，是鸟类、弹涂鱼、蟹类与其他无脊椎动物的良好栖息地。1980年后，随着赏鸟活动的推展，人们逐渐看到自然的价值，同时也感受到环境破坏，赏鸟地点渐渐减少，台北市野鸟学会及许多爱鸟人士于是呼吁大家协力保护鸟类，要求台北市政府正视台北地区的野鸟保护工作。经过一连串的“运动”，促使台北市政府公告设置“关渡水鸟生态保育区”，最后市议会通过特别预算征收已废耕的关渡湿地，正式成立关渡自然公园。2001年12月1日起，台北市政府委托台北市野鸟学会经营管理公园。台北鸟会首创台湾生态保育区委托民间团体经营管理的先例，以一个非营利的民间社团将盈余百分之百回馈的方式，将数十年来对这块湿地的关怀之情化为积极的行动。关渡从一个鸟人眼中的赏鸟天堂，成为北台湾的旅游必到之地，成功地创造了生态价值及旅游价值。
　　台湾中部云林县湖本村枕头山因于夏候鸟八色鸟(仙八色鸫)前来栖息、繁殖，因此每到假日就会吸引众多赏鸟人士聚集，使原本纯朴的山间小径涌进人潮。但是当时开采陆砂的行为却即将改变这天然美景的湖光山色，村民为反对陆砂入侵除成立自救会进行抗争外，并发起抢救八色鸟活动。“中华鸟会”于2001年立即展开“抢救八色鸟故乡”行动，发起全球爱鸟朋友大串连，吸引了数万人联名支持这项抢救行动，岛内外有73个保育团体加入声援行列。这项行动引起了当时的领导人的关注，亲自到湖本村视察，并表示：一个能够让自然万物与人类和谐共存的空间，才能生生不息，永续发展。随后云林县政府于该地划设八色鸟保护区，湖本村亦在村民同心协力之下，设立“湖本生态村”。每年5－8月，远自婆罗州飞抵此地繁殖的八色鸟，成为湖本村的明星、娇客，吸引无数的鸟人来此观赏，国际鸟人也络绎不绝。
　　中华凤头燕鸥在1863年首次被发现，之后陆续有零星纪录，最后的确切纪录是1937年在山东发现的21只，此后纪录全无。直到2000年，由台湾鸟类生态摄影家梁皆得先生，在马祖列岛拍摄生态记录片时记录到4对中华凤头燕鸥繁殖育雏的画面，8只成鸟，4只幼雏，总共12只个体。“中华鸟会”立即采取行动，依据国际乌盟的标准，将8个岛屿划设为重要野鸟栖地。同一年，连江县政府在“中华鸟会”的敦请下，迅速地成立马祖列岛燕鸥保护区，赋与保护中华凤头燕鸥的正式法律地位，使其得以在此安然繁殖。目前的研究得知中华凤头燕鸥的全球数量少于50只，成为全球鸟人的注目焦点，因此国际鸟人不惜花费重金，远渡重洋，飞抵马祖观赏此“神话之鸟”。当地政府亦在每年夏天燕鸥的繁殖季节，举办燕鸥季活动，带领民众出海观赏燕鸥，并设严格的观赏规范。这样既是推广赏鸟生态旅游，又兼尊重自然的生态教育。