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大量新能源和电动汽车接入后，导致电-热-交通综合能源系统有较大的净负荷变化，需要系统具有一定的灵活性以匹配源荷两侧的不确定性。如何处理不确定性与灵活性的矛盾，以及如何实现经济性和灵活性的平衡，是电-热-交通综合能源系统目前面临的难题。鉴于此，提出一种计及灵活性多目标电-热-交通综合能源系统区间优化运行模型，以经济成本最小和系统灵活性最大为目标，综合平衡系统的经济性和灵活性。利用区间数学描述风电出力和电动汽车负荷的不确定性，将传统等式约束转化为区间表达的形式，使其更具合理性。利用改进的多目标量子免疫算法对优化模型进行求解。以辽北某综合能源系统为例，设定3种不同场景以验证所提方法的有效性。