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线粒体完全基因组是一种构建脊椎动物系统发育树的非常重要的数据资源．该文中我们应用基于非序列比对的熵密度分布方法结合对数关联距离对64种脊椎动物的线粒体完全基因组进行分析处理并构建系统发育树，产生的树将所选择的生物体分为三个大类：哺乳类（Mammalia）、鱼类（Fish）和初龙下纲（包括鸟类（Birds）和爬行类（Reptiles）），其拓扑结构与当前已知的用传统方法产生的树相似．