为检测日本乌鲂Brama japonica与斯氏长鳍乌鲂Taractichthys steindachneri的种间遗传差异,对线粒体16S rRNA、细胞色素b(Cytb)和细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因片段序列进行了测定。经比对获得同源片段序列的长度分别为491、478、558 bp,其中16S rRNA基因片段上存在2处碱基插入/缺失。核苷酸组成分析结果表明:日本乌鲂与斯氏长鳍乌鲂在这3个基因片段上的G+C含量差异不显著(P>0.05)(平均为47.27%、46.59%),G含量均偏低,特别是在Cytb和COⅠ这两个基因的第三密码子位点上表现尤为突出(平均为9.80%、12.31%)。两种鱼类在线粒体基因组不同片段上的遗传差异比较明显,在总长度为1529 bp的核苷酸序列中,两种间共检测到204处核苷酸替换,两个蛋白质编码基因上的核苷酸替换主要发生在第三密码子位点上;两种鱼类在3个基因片段上的种间净遗传距离依次为0.112 7(16S rRNA)、0.166 4(Cytb)和0.135 3(COⅠ),遗传差异水平均达到属间差异水平。NJ系统树显示,斯氏长鳍乌鲂与小鳞异鲂Xenobrama microlepis的亲缘关系较近,而与日本乌鲂的亲缘关系较远。根据Cytb基因片段序列分析,日本乌鲂与斯氏长鳍乌鲂的分歧时间约为832万年,两种间分化事件发生在中新世。