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天麻（Gastrodia elata Bl.）为中国珍稀濒危传统药用植物,其不同种质之间形态特征差异微小,而药用成分差异较大,种质资源混乱。为了构建天麻种质资源的DNA指纹图谱,该研究应用SSR分子标记技术对天麻的3种变型（乌天麻、红天麻和绿天麻）、12个种群,共计120个样本进行了群体遗传分析。研究结果表明:（1）7对SSR引物均能对天麻样本成功进行PCR扩增且多态性丰富,每对引物的等位基因数（Na）在57之间,平均为6.43;引物多态信息含量（PIC）范围为0.626 20.823 5,平均为0.759 5。（2）群体遗传分析结果表明,天麻在物种水平上和变型水平上均有较高的遗传多样性（物种水平:A=6.428 6,H=0.789 0,I=1.682 9;变型水平:A=2.666 6,H=0.523 9,I=0.812 3）。（3）分子方差分析结果显示,种群间和变型间均存在强烈的遗传分化(Fst=0.558 6,Fct=0.381 8)。（4）种群聚类分析结果显示,相同变型的天麻种群首先聚在一起,3种变型能被完全分开,SSR指纹图谱在变型水平上鉴定效率良好;从120个样本中共检测出有112种基因型,Simpson指数（D）为0.99 8,说明SSR指纹图谱对天麻样本在个体水平上也有着良好的鉴定效率。该研究结果揭示了天麻的遗传背景,并建立了天麻的SSR指纹鉴定图谱,为其种质资源的保护、选育及药材鉴定奠定了科学依据与技术支撑。