【摘 要】
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为了解塞内卡病毒分离株SVA/CH/ZZ/2016全基因组序列,设计4对相互重叠的特异性引物扩增基因片段,将扩增产物分别克隆至pCE2TA/Blunt-Zero载体并进行测序,拼接校正后获得SVA/C
【机 构】
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内蒙古农业大学兽医学院,农业农村部动物疾病临床诊疗技术重点实验室,内蒙古呼和浩特 010018;金宇保灵生物药品有限公司,兽医疫苗国家工程实验室,内蒙古呼和浩特 010020;金宇保灵生物药品有限公司
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为了解塞内卡病毒分离株SVA/CH/ZZ/2016全基因组序列,设计4对相互重叠的特异性引物扩增基因片段,将扩增产物分别克隆至pCE2TA/Blunt-Zero载体并进行测序,拼接校正后获得SVA/CH/ZZ/2016株全基因组.结果显示,该毒株基因组全长7292 bp,包括5UTR(670 bp)、ORF(6546 bp)以及3UTR(76 bp).选择国内外其他9株参考毒株序列,对编码区12个基因的核苷酸及编码氨基酸进行比对.结果显示,核苷酸同源性最高的是3B基因,最低的是VP1基因,其余基因的核苷酸序列同源性均在85.2％～100％之间.VP1基因遗传进化分析显示,SVA/CH/ZZ/2016株与美国分离株USAIL_Purdue_43_2016和USAIN_Purdue_3698_2016株亲缘关系最近,属同一进化分支,与原始毒株SVV-001株亲缘关系最远.对SVA/CH/ZZ/2016株和原始毒株SVV-001 VP1蛋白的氨基酸序列进行比对,发现共有10处氨基酸差异.本研究通过对SVA/CH/ZZ/2016株全基因组测序及分析,为进一步开展SVA分子生物学研究及流行病学调查提供了基础数据.
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