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分析了天然药与中药方剂学的构建关系以及其不同的内涵和本质，提出了传统中药创新策略；根据配伍方剂的药材进行提取分离、纯化得到整体化学有效成分群，通过指纹图谱方法和指标成分定性、定量制定的组合物标准，即“天然药”；探讨了天然药在系统生物学中作用机制，它们可相互衔接、互相渗透，形成“整体对整体”模式，天然活性物质通过与基因组以及蛋白组的相互作用，从而整体调控信号传导通路、蛋白表达、免疫应答以及代谢行为，为治疗各种疾病提出了新的策略性方向；随着对系统生物学特性的理解，天然药系统生物学更值得深入的研究。