广东省2株白喉棒状杆菌的鉴定与分析

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目的:对广东省2株n C. diphtheriae白喉棒状杆菌进行精准鉴定与分析。n 方法:通过API Coryne棒状杆菌生化卡对2010年广州和2020年珠海分离的n C. diphtheriae进行生化及质谱鉴定;利用Illumina平台进行测序,CLC软件拼接,JSpeciesWS线上工具进行平均核苷酸同源性识别;BLASTN进行n narKGHIJ和n tox基因检测,使用MEGA-X构建wgSNP系统发育进化树。n 结果:GD-Guangzhou-2010为Belfanti型,GD-Zhuhai-2020为Gravis型。棒状杆菌种间ANI值计算结果显示,GD-Guangzhou-2010与n C.belfantii间ANIb=99.61%,GD-Zhuhai-2020与n C. diphtheriae间ANIb=97.64%。BLASTN结果显示,GD-Guangzhou-2010硝酸盐还原基因n narKGHIJ均为阴性且未携带n tox基因,GD-Zhuhai-2020硝酸盐还原基因n narKGHIJ均为阳性,未携带n tox基因。n C. diphtheriae的wgSNP进化树显示两个主要进化分支,第一个分支包含所有Mitis型和Gravis型以及GD-Zhuhai-2020,第二个分支包含所有的n C.belfantii、n C.diphtheriae subsp.n lausannense分离株及GD-Guangzhou-2010。n 结论:广东省成功分离鉴定出两株非产毒性n C. diphtheriae,系统发生树提示GD-Guangzhou-2010和GD-Zhuhai-2020位于两个不同的进化分支。n “,”Objective:To identify and analyze two strains of n C. diphtheriae in Guangdong Province by combining whole genome sequencing with traditional detection methods.n Methods:The n C. diphtheriae was isolated from Guangzhou in 2010 and Zhuhai in 2020 respectively. Isolates were identified by API Coryne strips and MALDI-TOF-MS. Genomic DNA was sequenced by using Illumina. The assembly was performed for each strain using CLC software. J Species WS online tool was used for average nucleoside homology identification, then n narKGHIJ andn tox gene were detected by NCBI online analysis tool BLSATN. MEGA-X was used to build a wgSNP phylogenetic tree.n Results:GD-Guangzhou-2010 was Belfanti and GD-Zuhai-2020 was Gravis. ANIb between GD-Guangzhou-2010 and n C. belfantii was 99.61%. ANI between GD-Zhuhai-2020 and n C. diphtheriae was 97.64%. BLASTN results showed that the nitrate reduction gene n narKGHIJ and n tox gene of GD-Guangzhou-2010 was negative, while GD-Zhuhai-2020 nitrate reduction gene n narKGHIJ was positive. There were two obvious clades in wgSNP phylogenetic tree. The first clades included all Mitis and Gravis types strains as well as GD-Zhuhai-2020. The second clades contained all isolates of n C.belfantii, n C.diphtheriae subsp.n lausannense and GD-guangzhou-2010.n Conclusion:Two non-toxic n C. diphtheriae strains are successfully isolated and identified. The phylogenetic tree suggests that GD-Guangzhou-2010 and GD-Zhuhai-2020 are located in two different evolutionary branches.n
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