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以摇床培养的木霉菌丝为材料，采用液氮研磨等方法提取到高质量的基因组DNA，能够用于AFLP实验分析，探索和优化酶切-连接反应、预扩增和选择性扩增反应过程中的关键因素，建立了适合木霉AFLP的最佳试验体系和反应条件。利用该技术体系对不同时期保存的菌株及融合子进行AFLP指纹分析．发现不同时期保存的同一菌株指纹相同．融合子指纹兼有亲本菌株的特性。通过对木霉AFLP条件的探索和研究．建立了木霉基因组AFLP反应体系．得到的扩增多态性条带完全能够用于木霉遗传稳定性和多样性分析．