随着电脑软件技术的不断提高，现在的软件技术应用与网络架构已结为一体。而且，为保护本国电脑软件产业的竞争力，各国都已相继制定了关于电脑软件专利的审查标准，因此，利用电脑软件与网络结合所提供的服务，只要符合专利实用性、新颖性和进步性的要点，皆可申请专利。
　　但事实上，许多网络公司也在积极的申请商业专利，但也有公司在提起专利侵权的诉讼，如亚马逊书店（Amonzon.com）即以美国专利第5,940,441号（俗称one-click）控告全美最大的实体连锁书店——邦诺书店（Barnesand Noble），而Priceline.com也控告Microsoft旗下公司Expedia.com侵害了其第5,794,207号专利等。因此，软件专利（或商业方法专利）已经成为发展电子商务不可忽略的课题。
　　所谓“商业方法”，系指为处理或解决商业经济活动或事务而（由人类智力）创造的方法或规则。而此种“创作”的类型是否能授予专利，在美国实务及产业界一直有着很大争议。虽然自美国专利商标局（USPTO）1996年公布“电脑相关发明审查基准”以来，与网络产品有关的专利权核准件数增加了十倍，但近期真正明白表示商业应用软件发明可以符合专利要件的是美国最高法院在1999年1月11日针对State Street Bank＆Trust Co v. Signature FinancialGroup案所做出的不受理判决。
　　虽然专利制度使得权利人能获得保护，但过份的放宽网络应用软件的专利，也间接阻碍了电子商务的发展。反对给予商业方法专利的学者，除了持“商业方法除外”的观点外，另一个争议的焦点是“新颖性”的问题。所谓新颖性，就是指“在申请专利前从未被公开，因而从未被公众所知或使用过”，换句话说，如果某项技术在申请专利之前已经存在，是一种“公开技术”，则其就已经丧失了新颖性，不得申请专利。如果丧失了新颖性，就算是已经被核准的专利，事后也可能因此而被撤销。
　　事实上，目前USPTO所核准的许多网络相关专利，都被认为欠缺新颖性而应该被撤销。为突出这种不合理情况，现在还出现了以高额奖金悬赏“公开技术”的网站。这个网站提供了一个类似悬赏的机制，对某项专利有意见的人，都可以在这个网站提出奖金，而首先找到相关公开技术的人，就可以获得奖金。
　　我国还没有颁布相关的审查基准作为审查上的参考，而实际上一般电脑软件专利申请案常遭审查者驳回。至于“商业方法”，则因其属于处理或解决商业经济活动或事务而由人类创造的方法或规则，并非利用自然法则，故依我国专利法的规定是不具专利性的。然而为适应国际潮流及软件产业的需要，我国也准备公布实施特定技术领域的专利审查基准，以做为软件专利审查的准绳。如前所述，各国业已相继打开了电脑软件专利保护，甚至扩及了网络的商业方法。基于鼓励科技创新，我们固然无法否认专利权制度有其存在的必要，但仍有几个问题值得思考。
　　首先，商业方法究竟是否应该赋予可专利的性质？这部份主要涉及到上面所谈到的新颖性。另外，随着国家赋予专利权人之独占权，一旦某项特殊的商业方法或交易模式获准专利，其他经营者日后若欲经营同类型业务就必须取得专利权人的授权或另行开发新的商业方法，这是否会因为代价太高而造成电子商务市场竞争机制的破坏？很值得我们关注。最后，由于网络具有无国界的特性，而专利的保护却是“属地主义”，所以不可避免的要产生管辖权的争议，这就有赖于建立国际共通的机制。笔者以为，面对以上问题，产业界及实务界似乎不需为赶这波电子商务热潮而骤然申请或核准商业方法专利权，而应从专利的本质及电子商务的发展两方面去考虑，以期找出一个平衡点，建立属于数字时代的专利权制度。