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细胞衰老会导致蛋白质组功能退化并积累损伤，但是这种损害可以通过蛋白质的更新来修复，例如损伤的多肽可以被新的有功能的肽段替换。人类蛋白质组中的几乎所有蛋白都可以在几天内更新。目前确定只有很少数极端“长寿”蛋白（ELLPs）半衰期是以月来计算的，如髓鞘碱性蛋白（MBP）。其他的ELLPs还有待于进一步的发现和验证，例如一种能够形成运输通道的核孔复合体蛋白（NPO的亚家族，它存在于分化的细胞但却不表达。因为像蠕虫这样的物种只能存活几周，