几何形态学（morphometrics）是基于笛卡尔地标点的统计分析方法,主要运用广义普鲁克分析（GPA）、薄板样条分析（TPS）、主成分分析（PCA）、典型变量分析（CVA）等方法,定量的对形态变化进行识别,结果更为客观。本研究运用几何形态学方法对8种常见扇贝（栉孔扇贝Azumapecten farreri、虾夷盘扇贝Mizuhopecten yessoensis、海湾扇贝Argopecten irradians、平濑掌扇贝Volachlamys hirasei、北海道扇贝Swiftopecten swiftii、荣套扇贝Gloripallium pallium、华贵类栉孔扇贝Mimachlamys nobilis、美丽环扇贝Annachlamys striatula）间形态关系进行研究,运用界标点和半界标点对扇贝的壳盘和壳耳进行数字化标点,利用PCA、CVA、TPS方法,获得8种扇贝的形态差异并进一步分析,建立系统发育树。PCA和CVA分析结果表明可以通过几何形态测量学分析方法将8种扇贝基于形态差异进行有效区分。此外,结合TPS的分析结果,发现壳耳和壳盘在扇贝中具有种间规律性差异。通过其形态分异进行表型聚类,从结果可知:美丽环扇贝、虾夷盘扇贝和海湾扇贝距离较近,壳型有共同的特征:扇贝壳盘较椭圆,壳耳相对较小;荣套扇贝和华贵类栉孔扇贝距离较近,壳型有共同的特征:扇贝壳盘更扁平,前耳相对较大;北海道扇贝、平濑掌扇贝和栉孔扇贝与其他种类没有交集。在聚类过程中,华贵类栉孔扇贝和荣套扇贝有交集,10个标本混淆,其他标本均成功聚类,正确率为95.5%。