【摘 要】
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目的筛选食管癌甲基化驱动基因,并进行功能及调控通路分析。方法搜集TCGA数据库中基因表达数据、DNA甲基化数据、临床信息完整的食管癌患者资料162例,记为肿瘤组;其中16例有
【基金项目】
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国家自然科学基金资助项目(81101483);河北省自然科学基金重点项目(H2017209233)
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目的筛选食管癌甲基化驱动基因,并进行功能及调控通路分析。方法搜集TCGA数据库中基因表达数据、DNA甲基化数据、临床信息完整的食管癌患者资料162例,记为肿瘤组;其中16例有癌旁对照资料,记为对照组。使用R语言Methyl Mix包综合分析两组患者的基因表达数据和DNA甲基化数据。R语言Methyl Mix包定义肿瘤组和对照组甲基化平均值的差值倍数为差异甲基化值(DM值),Spearman相关分析法分析基因表达与甲基化相关性,以|DM值|>0、|相关系数(Cor)|>0. 3为截断值筛选甲基化
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