耿宁对王阳明的"良知"概念曾提出不同的诠释。在其论文集《心的现象》中,最初他将王阳明的"良知"概括为一种"自知"。接着,耿宁区分王阳明的"良知"概念在不同时期的不同涵义:前期的"良知"概念承自孟子关于"良知、良能"与"四端"的文本,而四端"还不是德性本身,但却是德性的萌芽、德性的开端"。后期的"良知"概念则是借孟子所谓的"是非之心"来诠释"良知",是在每个意念中的内在意识,包括对善与恶的意念之意识。在《人生第一等事》中,耿宁还提出了王阳明后期的另一个"良知"概念,即"良知本体"的概念,亦即"本原知识的本己(真正)本质"。然而,孟子的"四端"之心并非只是"德性的开端",而是我们对良知的不同侧面之直接意识,它已是德性,已是完善状态。耿宁将"良知"理解为"自知"的看法无法贯彻于他的三个"良知"概念,只能适用于第二及第三个"良知"概念,而完全无法适用于第一个"良知"概念。此外,耿宁过分窄化了孟子的"是非之心",因为它也包含于其他三"端"之中,同时包含理性与情感两面。