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目的分析云南省艾滋病病毒-1型(HIV-1)和丙型肝炎病毒(HCV)共感染的静脉注射吸毒人群(IDUs)中,HCV对NS3蛋白酶抑制剂的天然耐药相关变异(RAV)的流行情况。方法 2014年1—6月,在云南省连续收集HIV-1和HCV抗体均阳性IDUs的血浆样品288份。对NS3基因进行扩增和测定,所得序列通过构建系统进化树确定HCV的亚型,并对耐药相关的氨基酸变异位点进行比对分析。结果共241份样品获得NS3基因序列,在1a、1b、3a、3b、6a、6n、6u亚型中都检测到了与NS3蛋白酶抑制剂耐药相关的变异。1a亚型的优势RAV为M175L(发生率为25/25);1b亚型的优势RAV为S122T(发生率为7/21);3a亚型的优势RAVs为V36L(发生率为56/56)、R123T(发生率为56/56)、I132L(发生率为55/56)、D168Q/H(发生率为56/56)和M175L(发生率为56/56);3b亚型的优势RAVs为V36L(发生率为90/90)、R123T(发生率为88/90)、I132L(发生率为90/90)、D168Q/H(发生率为90/90)和M175L(发生率为90/90)。6a亚型的优势RAVs为Q80K(发生率为13/13)和S122N/R(发生率为12/13)。6n亚型的优势RAV为S122N/T(发生率为31/31)。6u亚型的优势RAVs为S122T(发生率为5/5)和I132L(发生率为5/5)。结论云南省IDUs中流行的HCV亚型普遍存在针对NS3蛋白酶抑制剂的天然耐药相关变异,选择该类药物开展治疗时应充分考虑本地主要流行的基因型和相应的天然耐药突变。