医院基建工程独立审计，从九十年代中期开始实行。随着社会的发展，市场经济程度化越来越高，审计工作也不断受到重视和加强，并发展到参与各个领域的审计，取得了一定成绩，起到了对国家各经济活动保驾护航，也起到监督、评效的作用。
　　 在审计部门没有独立出来之前，基建工程审计重任往往由基建部门一肩挑。虽然工作方便，但往往只从一个方面加以审计，缺乏相互把关，相互监督，往往会造成一定经济上的损失。
　　 基建工程的独立审计，既起到双重把关，又起到共同监督，确保医院资金不多付，遏制腐败现象发生，对从事基建的工作人员起到保护作用。
　　 基建和审计部门，都是医院一份子，两者都是为了一个目标共同奋斗，都是为了医院建设和发展而努力工作。所以基建审计两个部门，必须相互团结，相互配合，共同维护医院利益，对外就是一个团体，一个大部门，相互支持、相互配合，共同为医院把好关，做好每一项分部工作，为医院节约每一分钱，如同为自己家节约一分钱，只有这样才能把基建、审计工作做好，为医院建设和发展做出自己应该做的贡献。
　　 一、怎样更好的相互配合、相互协调
　　 从部门领导到每一位工作人员，必须端正思想，放弃本位主义。以医院建设和发展的大局为重，不怕辛苦，工作不推诿，不怕承担责任，大公无私，处处为医院着想，廉洁奉公，并敢于和不良風气做斗争。
　　 二、不断学习提高自身素质和业务水平
　　 除了时常加强政治思想教育外，还要随着市场经济变化情况和新政、新规，不断学习，不耻下问。确保对每个环节弄懂弄透，在工作中占取主动，不失误，也提高医院自身形象。
　　 三、明确相互责任，一切按制度办事
　　 从科室领导到普通员工，必须牢记自己的岗位职责，完成院领导下达的各项任务，互相团结协作，从大局出发，做好每一项工作。
　　 四、重大工程要做到事前、事中、事后跟踪审计，确保每一个环节准确无误，不出问题
　　 1、审计部门事前参与招标文件编制、合同的制定和审核。审计部门既起到把关作用，又起到了解、熟悉文件和合同精神的作用，为以后审计打下基础。
　　 2、事中跟踪审计
　　 ⑴所有牵涉到工程造价的项目和变更（包括隐蔽工程），基建现场工作人员必须通知审计人员一道参与确认，并甲、乙双方共同鉴定认可。
　　 ⑵对于材料变更，质量、安全及工期奖罚，严格参照合同和招议标文件规定执行。
　　 ⑶工程施工中，因甲方原因造成的误工、重复施工、零星修缮，赶时、错时施工所造成的损失，和定额缺项等特殊情况，应根据当时现场实际情况，实事求是，基建、审计、施工方共同签字认可，并共同负责。
　　 ⑷施工中所有工程鉴证，必须要求施工方及时提出（三日内文字提出并报甲方，逾期不报就视为优惠，不再增加造价）。甲方需在短时间内及时审核，并给予答复，不拖延，以确保各时间段造价确认的准确性。
　　 ⑸加强部门之间沟通，及工程款支付、结算等工作信息的交流，确保资金不超付、不多付，避免各类差错的发生。
　　 ⑹事后审计
　　 工程竣工后，决算审计，严格招待招标文件和合同内容。汇总各项变更签证，并结合各时期各时间段的政策、法规和取费标准，进行审核。要求做到仔细、无误，并留足审核资金和维修保证金，确保资金不多付。
　　 只有部门之间团结合作，共同努力，并建立一整套跟踪审计的规章制度，制定跟踪审计实施办法，健全审计程序和审计规范，以及与此相衔接的项目管理制度、财务管理制度等。为跟踪审计人员、项目管理人员提供具体的指导。使各部门各尽其职，工作到位，不越位，相互配合，协调运转，使跟踪审计逐步进入程序化、规范化、制度化的轨道中。
　　 同时，参与外聘审计人员（外请审计事务所）审计审核工程中，并加以复核，确保双重把关，堵绝施工方拉拢工程审计人员，遏制腐败现象发生，为医院建设发展做贡献。