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郭沫若在谈到鲁迅时说得好：“影响到鲁迅生活颇深的人应该推数蔡元培吧！这位精神博大的自由主义者，对于中国的文化教育界贡献十分宏大，而他对于鲁迅先生始终是刮目相看的。鲁迅的进教育部乃至进入北京教育界都是由于蔡先生的援引，一直到鲁迅的病殁，蔡元培是尽了他没世不渝的友谊。”
蔡元培长鲁迅十三岁。1904年11月，蔡元培和章太炎等创立光复会，蔡元培为会长。光复会成立后，蔡元培便邀他的朋友、浙江会党首领陶成章入会，陶成章也是鲁迅的朋友，他们无话不谈。通过与陶成章的多次接触，鲁迅认识了蔡元培。
1912年1月，蔡元培担任中华民国教育总长。蔡元培长教育部后，鲁迅的朋友许寿裳参与此事，并向蔡推荐了鲁迅。蔡元培对许寿裳说：“我久慕其名，正拟驰函延请，现在就托先生代函敦劝，早日来京。”此时，鲁迅正对辛亥革命后的绍兴失望至极，深感“越中地棘不可居”。接到许寿裳的两封信后，便立即来到南京。蔡元培着手教育改革，他以身作则，每天上午九时上班，下午五时下班，照学校成规，以摇铃为号，分工任事，行政效率极高。鲁迅由此似乎看到希望，他说：“说起民元的事来，……当时我也在南京教育部，觉得中国将来很有希望。”
中华民国临时政府由南京迁往北京，教育部也要北迁，部员当然要有所调整。此时，教育部次长景某乘蔡元培北上期间，大力安置亲信。鲁迅早就看不惯景某的官僚习气，两人心存芥蒂。景某早有报复之心，便乘教育部北迁之际，把鲁迅列入部员的裁减名单。蔡元培在南京看到这张名单后，立即予以制止。他在致电鲁迅等：“昨日国务院成立，教育部亟须组织，请即日北来，为盼。”鲁迅被聘为教育部佥事、社会教育司第一科科长。
蔡元培毕生注重美育，提倡“以美育代替宗教”。他派王家驹筹办“北京夏期讲演会”，以“从事学问，阐发理术，宏深造诣”。他知道鲁迅对美学有独到的见解，便指派鲁迅讲授《美术略论》。鲁迅十分乐意地接受了这一任务，他的讲演深入浅出，很得学员的喜爱。蔡元培被迫辞职后，新任总长便把“美育”删除，代之“以孔子之言为旨归”的道德教育。鲁迅对此感到极为可恨，他在日记中写道：“闻临时教育会议竟删去美育，此种豚犬，可怜，可怜！”
“世味秋荼苦，人间正道穷。”鲁迅由此深切感受到，在这个专制集权的社会里，欲思改革的不易和痛苦。蔡元培辞职而去，新任总长走马灯似的换了一个又一个。鲁迅后来说：“我身做十多年官僚，目睹了一打以上总长。”这些粉墨登场的官僚不是来办教育的，“说得露骨一点，就是做‘官’”，教育部内充斥着一片污浊、无聊的气氛。
鲁迅已无正经事可做，只能用抄古碑、搜集金石拓本、辑录和校勘古书来消磨时光。蔡元培也有此爱好，他们之间常有切磋和交流。蔡元培将自己收藏的《赞三宝福业碑》、《高归彦造象》、《丰乐七帝二寺邑义等造象》和《苏轼等仿象老题记》拓片赠送于鲁迅。他们还就汉代石刻进行讨论，鲁迅在致蔡元培的信中说：“汉石刻之人首蛇身象，就树人所收拓本觅之，除武梁祠画象外，亦殊不多，盖此画似多刻于顶层，故在残石中颇难觏也。”
1917年1月，蔡元培接长北京大学，采取思想自由、兼容并包的方针，对北大先从文科进行改革。新文化运动的风云人物陈独秀带着《新青年》由上海来到北京，于是，发端于上海的新文化运动，其战斗营垒已由上海迁来北京大学。
此时，鲁迅仍在教育部供职，在沉重、黑暗的社会机制的压抑下，他特别感到孤立和愁闷。他常常一个人躲在补树书屋，整日整日的抄写古碑。后来，他的朋友、同乡、北大教授钱玄同，将他引入北大《新青年》营垒，他的《狂人日记》、《孔乙己》和《药》等白话小说，才得以由《新青年》而面世。
其实，蔡元培对鲁迅和周作人兄弟向有倚重，他刚刚履任北大校长便给鲁迅去信，只是由于鲁迅已在教育部供职，而未聘其到北大任教。但是，却和鲁迅多次谈起欲聘其二弟周作人的事。1917年3月8日，鲁迅在致蔡元培的信中说：“前奉书，屡告起孟（即周作人，作者注），并携言语学、美学书籍，便即转致。顷有书来，言此二学，皆非所能，略无心得，实不足以教人。若勉强敷说，反有辱殷殷之意，虑到后面陈，多稽时日，故急函谢，切望转达，以便别行物色诸语。今如说奉闻，希鉴察。”
周作人来到北京，与大哥鲁迅住在一起。他们为应聘之事多次与蔡元培磋商。根据周氏兄弟的意见，蔡元培聘周作人为文科教授，兼国史编纂处纂辑员，教授欧洲文学史和罗马文学史。蔡元培知道鲁迅有相应的美学知识，便委托其为北大设计校徽。1917年8月7日，鲁迅日记记：“寄蔡先生信，并所拟大学徽章。”迈过百多年的历史风尘，这枚鲁迅设计的校徽，至今仍在北大师生的胸前佩戴。1920年8月2日，鲁迅也收到蔡元培的聘书。鲁迅主要讲授中国小说史，他的课讲的很生动。冯至先生回忆说，听鲁迅的课，“在引人入胜、娓娓动听的语言中蕴蓄着精辟的见解，闪烁着智慧的光芒。”鲁迅还在讲义的基础上完成《中国小说史略》，胡适曾高度评价说：“这是一部开山的创作。”
1927年6月，蔡元培就任大学院院长后，满怀信心和希望，要在全国高等教育领域兴起一股改革之风。他还像十五年前长教育部时那样，很快便给鲁迅发了聘书。12月26日，鲁迅被聘为大学院特约著作员。据鲁迅日记所记，蔡元培曾专程拜访过他。
蔡元培不仅对鲁迅，对周氏三兄弟都是尽其所能给予帮助。鲁迅的三弟周建人原在商务印书馆工作，1932年“一·二八”抗战时，商务印书馆被日军炮火焚毁，员工均被解雇，周建人因此而生活无着，鲁迅为此很着急。3月2日，鲁迅给他的好友许寿裳写信说：“商务馆虽云人员全部解约，但现在当必尚有蝉联，而将来且必仍有续聘，可否乞兄转蕲蔡先生代为设法，俾有一栖身之处，即他处他事，亦甚愿服务也。”蔡元培知道此事后，立即往商务印书馆与王云五相商。后来，书馆因裁员而发生纠纷，鲁迅又去函许寿裳说：“但今兹书馆与工员争持正烈，实亦难于措手，拟俟馆方善后事宜办竣以后，再一托蔡公耳。” 商务印书馆内部纠纷平息后，蔡元培又去与王云五相商。周建人这才再次与商务印书馆签订聘约。鲁迅对此事十分感激，和三弟周建人专程往蔡宅面谢，因蔡元培外出而未遇。鲁迅在转托许寿裳代致谢忱的信中说：“弟本拟向蔡先生面达谢忱，而又不遇。大约国事鞅掌，外出之时居多，所以一时恐不易见。兄如相见时，尚乞转致谢意为托。”
1932年12月17日，中国民权保障同盟正式成立。同盟成立后，蔡元培即去信邀请鲁迅入盟。据1933年1月6日鲁迅日记：“下午往商务印书馆，邀三弟同至中央研究院人权保障同盟干事会。”17日，中国民权保障同盟上海分会召开成立会，蔡元培和鲁迅等出席会议，经过投票选举，他们都当选为上海分会执行委员。
中华民族已到了最危险的时候，蒋介石仍在实行“攘外必先安内”的政策，甚至恫吓说：“侈谈抗日者杀无赦。”人民连说话的权利都被剥夺了，又从何而谈抗日救国呢？蔡元培为此常常陷入无尽的困惑和愤懑之中，正是在这次会议上，他将自己的昔日旧作书赠予鲁迅：
养兵千日知何用，大敌当前喑不声。
汝辈尚容说威信，十重颜甲对苍生。
几多恩怨争牛李，有数人才走越胡。
顾犬补牢犹未晚，只今谁是蔺相如。
他还痛心地对鲁迅说，国民党为了想消灭政治上的敌对者，连民族的存亡都可以不顾，这是他所始料不及的，“如磐夜气压重楼”，“雾寒苍天百卉殚”。1933年的中国，正如鲁迅所描述的黑暗、凋零和凝重，蒋介石甚至还嫌中国专制、独裁得不够，竟然要效法希特勒，创设复兴社和反省院，他的一个党、一个主义、一个领袖的喧嚷已是甚嚣尘上。5月13日上午，宋庆龄、杨杏佛和鲁迅等亲往德国驻上海领事馆，以中国民权保障同盟的名义递交抗议书，强烈抗议希特勒的法西斯政党践踏人权的暴行，这份抗议书虽然“已引起举世特殊之注意”。
反动派终于要下毒手了，6月18日八时十五分，中国民权保障同盟总干事杨杏佛被四名暴徒暗杀。蔡元培、宋庆龄等没有被吓倒，表现出了威武不屈的凛然正气，鲁迅对此十分敬佩，他说：“打死杨杏佛，原是对于宋庆龄和蔡先生的警告，但他们两位是坚决的。”杨杏佛被害后，中国民权保障同盟也被迫停止了活动。鲁迅是熟知蔡元培的，他对冯雪峰说：“蔡元培的同情革命者，也不过是为了民族而已。但革命者，为了阶级，也为了民族。……现在的阶级斗争，又何尝不是民族存亡的斗争。”
1936年10月19日5时25分，鲁迅病逝于上海寓所。这天，宋庆龄特意来到中央研究院，告诉鲁迅去世的消息，并请蔡元培参加鲁迅治丧委员会。次日，蔡元培前往万国殡仪馆吊唁，并挽以一联：
著作最谨严，岂惟中国小说史；
遗言太沉痛，莫作空头文学家。
在万国公墓为鲁迅举行葬礼时，蔡元培亲为执绋，并致词说：“我们要使鲁迅先生的精神永远不死，必须担负起继续发扬他精神的责任来。”
他还发表《记鲁迅先生轶事》，回忆起两人交往中几件影响深刻的事情：一是鲁迅与周作人合译《域外小说集》；二是鲁迅进教育部后抄写“从图书馆借来的善本书”，后来便发表校订本《嵇康集》；三是鲁迅“注意美术，但不喜音乐”。四是鲁迅喜爱搜罗汉碑图案的拓本，“已获得数百种”。蔡元培最为称道的是鲁迅的人品风范。他说，鲁迅在教育部供职时，同事齐寿山“对他非常崇拜”，教育部免鲁迅职后，齐寿山也因之而辞职于教育部，蔡元培说：“这是先生人格的影响。”
蔡元培如此高度评价鲁迅，如此认真处理鲁迅的后事，却引来苏雪林的非议，她在一封致蔡元培的公开信中，批评蔡元培不该主持鲁迅的葬仪，不该成立鲁迅纪念委员会。她还警告说，蔡元培“今日为左派利用而表彰鲁迅，……同情鲁迅，国人谁不惟先生马首是瞻，则青年心灵之毒化，反动势力之酝酿，有不可思议者。……此则愿先生之自重者也”。她带着深刻的偏见，对鲁迅大泼脏水，大放厥词。尽管苏雪林以公开信的方式向他责难，蔡元培还是采取了不屑一顾的轻蔑态度，根本没有理睬，依然投入纪念鲁迅的实际而具体的工作之中。
1937年3月，《鲁迅全集》已经编定，许寿裳便为其审查一事去函蔡元培。5月20日，蔡元培在致许寿裳的信中说：“鲁迅先生遗著事，弟曾函商于中央宣传部邵力子部长，力子来谈，称：内政部已转来呈文，当催促部员提前检查，现尚未断言是否全部都无问题，万一有少数在不能不禁之列，止可于全集中剔除几部，俾不致累及全集云云。”
次年3月22日，许广平来信说，《鲁迅全集》将由复社印刷发行，并希望先生为之作序。蔡元培很想写一篇好的序文，可又觉得对鲁迅还是缺乏了解，写起来难以下笔。他是个认真、慎重的谦谦君子，决无贸然从事的习惯，于是，又给鲁迅的朋友许寿裳去信说：“接马孝焱兄函，说关于《鲁迅全集》作序问题，先生有与弟商酌之处，敬希不及。弟曾得许广平夫人函，嘱作序，已允之，然尚未下笔，深愿先生以不可不说者及不可说者详示之，盖弟虽为佩服鲁迅先生之一人，然其著作读过甚少，即国际间著名之《阿Q正传》，亦仅读过几节而已。深恐随笔叹美，反与其真相不符也。”
他用了一个多月的时间，浏览了鲁迅的主要作品后，才为《鲁迅全集》写出了序，他在序文中说：“鲁迅先生的创作，除《坟》、《呐喊》、《野草》数种外，均成于一九二五年至一九三六年中，其文除小说、书信外，均为杂文与短评，以十二年光阴成此许多作品，他的感想之丰富，观察之深刻，意境之隽永，字句之正确，他人所苦思力索而不易得当的，他就很自然的写出来，这是何等天才！何等学力！”
他称赞道，鲁迅著作“方面较多，蹊径独辟，为后学开示无数法门，所以鄙人敢以新文学开山目之”。
1938年6月间，《鲁迅全集》二十卷本终于出版了。鲁迅纪念委员会为答谢他，让沈雁冰转赠一套《鲁迅全集》纪念本，可他早已按价付了一百元钱的订金。许广平知道此事后，立即让鲁迅纪念委员会干事王纪元将钱退还，并说，赠送先生一套《全集》，为纪念委员会中所议决，望先生万勿推却。他却坚持将钱交于纪念委员会，并复函说：“鄙人对于鲁迅先生身后，终不愿毫无物质之补助，请以此款改作赙敬。”
他和宋庆龄还以鲁迅纪念委员会主席和副主席的名义，发表《征订〈鲁迅全集〉精制纪念本启》，这则启事说：“鲁迅先生为一代文宗，毕生著述，承清季朴学之绪余，奠现代文坛之础石。”编印《鲁迅全集》的目的，“欲以唤醒国魂，砥砺士气”。许广平对蔡元培为鲁迅所做的一切极为感谢和崇敬，她撰文赞扬说：“至蔡先生文章道德，海内传颂，鲁迅先生一生深蒙提掖，此次更承为全集作序，知何宗尚，鲁迅先生有知，亦必含笑九泉，岂徒私人之感幸。”
蔡元培长鲁迅十三岁。1904年11月，蔡元培和章太炎等创立光复会，蔡元培为会长。光复会成立后，蔡元培便邀他的朋友、浙江会党首领陶成章入会，陶成章也是鲁迅的朋友，他们无话不谈。通过与陶成章的多次接触，鲁迅认识了蔡元培。
1912年1月，蔡元培担任中华民国教育总长。蔡元培长教育部后，鲁迅的朋友许寿裳参与此事，并向蔡推荐了鲁迅。蔡元培对许寿裳说：“我久慕其名，正拟驰函延请，现在就托先生代函敦劝，早日来京。”此时，鲁迅正对辛亥革命后的绍兴失望至极，深感“越中地棘不可居”。接到许寿裳的两封信后，便立即来到南京。蔡元培着手教育改革，他以身作则，每天上午九时上班，下午五时下班，照学校成规，以摇铃为号，分工任事，行政效率极高。鲁迅由此似乎看到希望，他说：“说起民元的事来，……当时我也在南京教育部，觉得中国将来很有希望。”
中华民国临时政府由南京迁往北京，教育部也要北迁，部员当然要有所调整。此时，教育部次长景某乘蔡元培北上期间，大力安置亲信。鲁迅早就看不惯景某的官僚习气，两人心存芥蒂。景某早有报复之心，便乘教育部北迁之际，把鲁迅列入部员的裁减名单。蔡元培在南京看到这张名单后，立即予以制止。他在致电鲁迅等：“昨日国务院成立，教育部亟须组织，请即日北来，为盼。”鲁迅被聘为教育部佥事、社会教育司第一科科长。
蔡元培毕生注重美育，提倡“以美育代替宗教”。他派王家驹筹办“北京夏期讲演会”，以“从事学问，阐发理术，宏深造诣”。他知道鲁迅对美学有独到的见解，便指派鲁迅讲授《美术略论》。鲁迅十分乐意地接受了这一任务，他的讲演深入浅出，很得学员的喜爱。蔡元培被迫辞职后，新任总长便把“美育”删除，代之“以孔子之言为旨归”的道德教育。鲁迅对此感到极为可恨，他在日记中写道：“闻临时教育会议竟删去美育，此种豚犬，可怜，可怜！”
“世味秋荼苦，人间正道穷。”鲁迅由此深切感受到，在这个专制集权的社会里，欲思改革的不易和痛苦。蔡元培辞职而去，新任总长走马灯似的换了一个又一个。鲁迅后来说：“我身做十多年官僚，目睹了一打以上总长。”这些粉墨登场的官僚不是来办教育的，“说得露骨一点，就是做‘官’”，教育部内充斥着一片污浊、无聊的气氛。
鲁迅已无正经事可做，只能用抄古碑、搜集金石拓本、辑录和校勘古书来消磨时光。蔡元培也有此爱好，他们之间常有切磋和交流。蔡元培将自己收藏的《赞三宝福业碑》、《高归彦造象》、《丰乐七帝二寺邑义等造象》和《苏轼等仿象老题记》拓片赠送于鲁迅。他们还就汉代石刻进行讨论，鲁迅在致蔡元培的信中说：“汉石刻之人首蛇身象，就树人所收拓本觅之，除武梁祠画象外，亦殊不多，盖此画似多刻于顶层，故在残石中颇难觏也。”
1917年1月，蔡元培接长北京大学，采取思想自由、兼容并包的方针，对北大先从文科进行改革。新文化运动的风云人物陈独秀带着《新青年》由上海来到北京，于是，发端于上海的新文化运动，其战斗营垒已由上海迁来北京大学。
此时，鲁迅仍在教育部供职，在沉重、黑暗的社会机制的压抑下，他特别感到孤立和愁闷。他常常一个人躲在补树书屋，整日整日的抄写古碑。后来，他的朋友、同乡、北大教授钱玄同，将他引入北大《新青年》营垒，他的《狂人日记》、《孔乙己》和《药》等白话小说，才得以由《新青年》而面世。
其实，蔡元培对鲁迅和周作人兄弟向有倚重，他刚刚履任北大校长便给鲁迅去信，只是由于鲁迅已在教育部供职，而未聘其到北大任教。但是，却和鲁迅多次谈起欲聘其二弟周作人的事。1917年3月8日，鲁迅在致蔡元培的信中说：“前奉书，屡告起孟（即周作人，作者注），并携言语学、美学书籍，便即转致。顷有书来，言此二学，皆非所能，略无心得，实不足以教人。若勉强敷说，反有辱殷殷之意，虑到后面陈，多稽时日，故急函谢，切望转达，以便别行物色诸语。今如说奉闻，希鉴察。”
周作人来到北京，与大哥鲁迅住在一起。他们为应聘之事多次与蔡元培磋商。根据周氏兄弟的意见，蔡元培聘周作人为文科教授，兼国史编纂处纂辑员，教授欧洲文学史和罗马文学史。蔡元培知道鲁迅有相应的美学知识，便委托其为北大设计校徽。1917年8月7日，鲁迅日记记：“寄蔡先生信，并所拟大学徽章。”迈过百多年的历史风尘，这枚鲁迅设计的校徽，至今仍在北大师生的胸前佩戴。1920年8月2日，鲁迅也收到蔡元培的聘书。鲁迅主要讲授中国小说史，他的课讲的很生动。冯至先生回忆说，听鲁迅的课，“在引人入胜、娓娓动听的语言中蕴蓄着精辟的见解，闪烁着智慧的光芒。”鲁迅还在讲义的基础上完成《中国小说史略》，胡适曾高度评价说：“这是一部开山的创作。”
1927年6月，蔡元培就任大学院院长后，满怀信心和希望，要在全国高等教育领域兴起一股改革之风。他还像十五年前长教育部时那样，很快便给鲁迅发了聘书。12月26日，鲁迅被聘为大学院特约著作员。据鲁迅日记所记，蔡元培曾专程拜访过他。
蔡元培不仅对鲁迅，对周氏三兄弟都是尽其所能给予帮助。鲁迅的三弟周建人原在商务印书馆工作，1932年“一·二八”抗战时，商务印书馆被日军炮火焚毁，员工均被解雇，周建人因此而生活无着，鲁迅为此很着急。3月2日，鲁迅给他的好友许寿裳写信说：“商务馆虽云人员全部解约，但现在当必尚有蝉联，而将来且必仍有续聘，可否乞兄转蕲蔡先生代为设法，俾有一栖身之处，即他处他事，亦甚愿服务也。”蔡元培知道此事后，立即往商务印书馆与王云五相商。后来，书馆因裁员而发生纠纷，鲁迅又去函许寿裳说：“但今兹书馆与工员争持正烈，实亦难于措手，拟俟馆方善后事宜办竣以后，再一托蔡公耳。” 商务印书馆内部纠纷平息后，蔡元培又去与王云五相商。周建人这才再次与商务印书馆签订聘约。鲁迅对此事十分感激，和三弟周建人专程往蔡宅面谢，因蔡元培外出而未遇。鲁迅在转托许寿裳代致谢忱的信中说：“弟本拟向蔡先生面达谢忱，而又不遇。大约国事鞅掌，外出之时居多，所以一时恐不易见。兄如相见时，尚乞转致谢意为托。”
1932年12月17日，中国民权保障同盟正式成立。同盟成立后，蔡元培即去信邀请鲁迅入盟。据1933年1月6日鲁迅日记：“下午往商务印书馆，邀三弟同至中央研究院人权保障同盟干事会。”17日，中国民权保障同盟上海分会召开成立会，蔡元培和鲁迅等出席会议，经过投票选举，他们都当选为上海分会执行委员。
中华民族已到了最危险的时候，蒋介石仍在实行“攘外必先安内”的政策，甚至恫吓说：“侈谈抗日者杀无赦。”人民连说话的权利都被剥夺了，又从何而谈抗日救国呢？蔡元培为此常常陷入无尽的困惑和愤懑之中，正是在这次会议上，他将自己的昔日旧作书赠予鲁迅：
养兵千日知何用，大敌当前喑不声。
汝辈尚容说威信，十重颜甲对苍生。
几多恩怨争牛李，有数人才走越胡。
顾犬补牢犹未晚，只今谁是蔺相如。
他还痛心地对鲁迅说，国民党为了想消灭政治上的敌对者，连民族的存亡都可以不顾，这是他所始料不及的，“如磐夜气压重楼”，“雾寒苍天百卉殚”。1933年的中国，正如鲁迅所描述的黑暗、凋零和凝重，蒋介石甚至还嫌中国专制、独裁得不够，竟然要效法希特勒，创设复兴社和反省院，他的一个党、一个主义、一个领袖的喧嚷已是甚嚣尘上。5月13日上午，宋庆龄、杨杏佛和鲁迅等亲往德国驻上海领事馆，以中国民权保障同盟的名义递交抗议书，强烈抗议希特勒的法西斯政党践踏人权的暴行，这份抗议书虽然“已引起举世特殊之注意”。
反动派终于要下毒手了，6月18日八时十五分，中国民权保障同盟总干事杨杏佛被四名暴徒暗杀。蔡元培、宋庆龄等没有被吓倒，表现出了威武不屈的凛然正气，鲁迅对此十分敬佩，他说：“打死杨杏佛，原是对于宋庆龄和蔡先生的警告，但他们两位是坚决的。”杨杏佛被害后，中国民权保障同盟也被迫停止了活动。鲁迅是熟知蔡元培的，他对冯雪峰说：“蔡元培的同情革命者，也不过是为了民族而已。但革命者，为了阶级，也为了民族。……现在的阶级斗争，又何尝不是民族存亡的斗争。”
1936年10月19日5时25分，鲁迅病逝于上海寓所。这天，宋庆龄特意来到中央研究院，告诉鲁迅去世的消息，并请蔡元培参加鲁迅治丧委员会。次日，蔡元培前往万国殡仪馆吊唁，并挽以一联：
著作最谨严，岂惟中国小说史；
遗言太沉痛，莫作空头文学家。
在万国公墓为鲁迅举行葬礼时，蔡元培亲为执绋，并致词说：“我们要使鲁迅先生的精神永远不死，必须担负起继续发扬他精神的责任来。”
他还发表《记鲁迅先生轶事》，回忆起两人交往中几件影响深刻的事情：一是鲁迅与周作人合译《域外小说集》；二是鲁迅进教育部后抄写“从图书馆借来的善本书”，后来便发表校订本《嵇康集》；三是鲁迅“注意美术，但不喜音乐”。四是鲁迅喜爱搜罗汉碑图案的拓本，“已获得数百种”。蔡元培最为称道的是鲁迅的人品风范。他说，鲁迅在教育部供职时，同事齐寿山“对他非常崇拜”，教育部免鲁迅职后，齐寿山也因之而辞职于教育部，蔡元培说：“这是先生人格的影响。”
蔡元培如此高度评价鲁迅，如此认真处理鲁迅的后事，却引来苏雪林的非议，她在一封致蔡元培的公开信中，批评蔡元培不该主持鲁迅的葬仪，不该成立鲁迅纪念委员会。她还警告说，蔡元培“今日为左派利用而表彰鲁迅，……同情鲁迅，国人谁不惟先生马首是瞻，则青年心灵之毒化，反动势力之酝酿，有不可思议者。……此则愿先生之自重者也”。她带着深刻的偏见，对鲁迅大泼脏水，大放厥词。尽管苏雪林以公开信的方式向他责难，蔡元培还是采取了不屑一顾的轻蔑态度，根本没有理睬，依然投入纪念鲁迅的实际而具体的工作之中。
1937年3月，《鲁迅全集》已经编定，许寿裳便为其审查一事去函蔡元培。5月20日，蔡元培在致许寿裳的信中说：“鲁迅先生遗著事，弟曾函商于中央宣传部邵力子部长，力子来谈，称：内政部已转来呈文，当催促部员提前检查，现尚未断言是否全部都无问题，万一有少数在不能不禁之列，止可于全集中剔除几部，俾不致累及全集云云。”
次年3月22日，许广平来信说，《鲁迅全集》将由复社印刷发行，并希望先生为之作序。蔡元培很想写一篇好的序文，可又觉得对鲁迅还是缺乏了解，写起来难以下笔。他是个认真、慎重的谦谦君子，决无贸然从事的习惯，于是，又给鲁迅的朋友许寿裳去信说：“接马孝焱兄函，说关于《鲁迅全集》作序问题，先生有与弟商酌之处，敬希不及。弟曾得许广平夫人函，嘱作序，已允之，然尚未下笔，深愿先生以不可不说者及不可说者详示之，盖弟虽为佩服鲁迅先生之一人，然其著作读过甚少，即国际间著名之《阿Q正传》，亦仅读过几节而已。深恐随笔叹美，反与其真相不符也。”
他用了一个多月的时间，浏览了鲁迅的主要作品后，才为《鲁迅全集》写出了序，他在序文中说：“鲁迅先生的创作，除《坟》、《呐喊》、《野草》数种外，均成于一九二五年至一九三六年中，其文除小说、书信外，均为杂文与短评，以十二年光阴成此许多作品，他的感想之丰富，观察之深刻，意境之隽永，字句之正确，他人所苦思力索而不易得当的，他就很自然的写出来，这是何等天才！何等学力！”
他称赞道，鲁迅著作“方面较多，蹊径独辟，为后学开示无数法门，所以鄙人敢以新文学开山目之”。
1938年6月间，《鲁迅全集》二十卷本终于出版了。鲁迅纪念委员会为答谢他，让沈雁冰转赠一套《鲁迅全集》纪念本，可他早已按价付了一百元钱的订金。许广平知道此事后，立即让鲁迅纪念委员会干事王纪元将钱退还，并说，赠送先生一套《全集》，为纪念委员会中所议决，望先生万勿推却。他却坚持将钱交于纪念委员会，并复函说：“鄙人对于鲁迅先生身后，终不愿毫无物质之补助，请以此款改作赙敬。”
他和宋庆龄还以鲁迅纪念委员会主席和副主席的名义，发表《征订〈鲁迅全集〉精制纪念本启》，这则启事说：“鲁迅先生为一代文宗，毕生著述，承清季朴学之绪余，奠现代文坛之础石。”编印《鲁迅全集》的目的，“欲以唤醒国魂，砥砺士气”。许广平对蔡元培为鲁迅所做的一切极为感谢和崇敬，她撰文赞扬说：“至蔡先生文章道德，海内传颂，鲁迅先生一生深蒙提掖，此次更承为全集作序，知何宗尚，鲁迅先生有知，亦必含笑九泉，岂徒私人之感幸。”