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盟旗制度是清政府为了维护边疆的稳定,在少数民族中实行的军政合一的政治制度。在新疆,盟旗制度的主要形式有回王制、札萨克制与总管旗制三种。民国成立以后,金树仁、盛世才开始实行"改土归流",最终废除了盟旗制度,改行县制。盟旗制度的废除,有利于新疆的行政统一与促进各民族间经济文化交流,但对于后来新疆的稳定以及边防的巩固也有一定负面作用。