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测定了浙江2个地方群体番鸭共30个个体线粒体D环部分序列，共检测到10个变异位点，8种单倍型。结合鸭科其他3个属的线粒体DNA控制N（D-loop）序列分析表明：番鸭种内遗传变异相对较低，与同科不同属的鸳鸯间的遗传距离小于与家鸭之间的遗传距离。分子系统发生树表明番鸭在分类学上与鸳鸯属的亲缘关系更近。