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新制度经济学在新古典经济学的假设基础上加以修正和拓宽，主要表现在制度内生、有限理性、交易成本为正、局部均衡等方面。新制度经济学方法论的特点是：既是证伪的又是证实的、个人主义兼有制度主义、社会进化论而非历史唯物主义、推崇案例研究方法、既强调自然秩序观又强调演化等。但从本质来说，新制度经济学的假设论和方法论并未脱离新古典的理念。