以云南省瑞丽市勐秀林场扦插种植的薇甘菊为试材，采用液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）技术对花芽未分化期和花序原基分化期花芽中的生长素（IAA）、赤霉素（GA）、脱落酸（ABA）、反式玉米素（tZ）、异戊烯腺嘌呤（IP）、1-氨基环丙烷羧酸（ACC）、茉莉酸（JA）和水杨酸（SA）含量进行定量分析，同时基于转录组基因功能注释数据对内源激素合成、代谢及信号转导途径相关基因进行表达分析，以探讨不同内源激素对薇甘菊花芽形成的调控作用，以及内源激素合成和信号转导途径相关基因调控薇甘菊花芽分化的机制，为后期通过外源激素调控薇甘菊内源激素水平的方式来控制薇甘菊的有性繁殖提供理论和技术支持。结果表明：（1）薇甘菊未分化期花芽中GA15、GA19、GA20、GA24、IAA、ABA和ETH含量低于花序原基分化期，而未分化期花芽中两种细胞分裂素tZ和IP含量显著高于花序原基分化期。（2）基于RNA-seq测序结果，在薇甘菊两个花芽分化时期共获得7 116个差异表达基因（DEGs）,其中上调3 907个，下调3 209个。（3）在内源激素合成方面，参与GA15、GA19、GA20、GA24、IAA、ABA和ACC合成的大量DEGs在花序原基分化期上调表达，这与它们在薇甘菊花序原基分化期的高含量趋势相一致；参与IAA合成的YUCCA基因家族和ACC合成的ACS基因在花序原基分化期的高表达也可能参与促进薇甘菊花芽分化。（4）在植物激素转导途径中，在花序原基分化期，生长素信号转导途径通过AUX/IAA（gene-E3N88＿07743）的下调表达和ARF（gene-E3N88＿41119）的上调表达，乙烯信号转导途径通过ERF（gene-E3N88＿41547）的上调表达，赤霉素信号转导途径通过GID1（gene-E3N88＿19448）基因的上调表达，细胞分裂素信号转导途径通过B-ARR（gene-E3N88＿28086）和A-RRR（gene-E3N88＿40764）基因的下调表达，脱落酸途径通过AREB（gene-E3N88＿18558）基因的上调表达，茉莉酸信号转导途径通过JAZ（gene-E3N88＿05628）的上调表达和MYC2（gene-E3N88＿32405）的下调表达来调控薇甘菊花芽分化。研究发现，高水平的GA15、GA19、GA20、GA24、IAA、ABA和ACC有利于薇甘菊的花芽分化；薇甘菊在花芽分化过程中通过改变不同种类内源激素合成、代谢基因的表达来调控激素浓度，而激素又通过信号转导途径引起下游基因的表达，进而调控薇甘菊的花芽分化。