杧果E2F/DP转录因子家族生物信息学分析

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E2F/DP转录因子是真核生物中细胞周期进程的关键调节因子,与植物激素共同发挥着重要的调控作用。以杧果全基因组为供试参考基因组,用生物信息学软件预测E2F/DP转录因子家族基因成员,并分析其理化性质、保守结构域、保守基序、进化关系,结合实时荧光定量PCR测定杧果细菌性黑斑病菌(Xanthomonas campestris pv.mangiferaeindicae, Xcm)、胶孢炭疽菌(Colle totrichum gloeosporioides, Cg)、茉莉酸甲酯(methyl jasmonate, MeJA)和水杨酸(salicylic acid, SA)处理下基因表达量。结果表明,杧果全基因组中有8个E2F/DP转录因子,命名为MiE2Fs。保守结构域预测发现MiE2F1~5均含有E2F_DD,MiE2F7和MiE2F8同时包含两个E2F_TDP保守结构域;二级结构预测发现E2F/DP家族蛋白质二级结构相似,无规则卷曲和α-螺旋是MiE2F1~8蛋白二级结构主要元件,其次是延伸链和β-转角;保守基序预测发现杧果有1个高度保守的基序Motif1;基于杧果和大豆、烟草、毛果杨、拟南芥、阿月浑子、葡萄的E2F/DP基因蛋白质序列构建系统发育树,发现杧果E2F/DP基因与阿月浑子、葡萄亲缘关系接近;杧果细菌性黑斑病菌(Xcm)和胶孢炭疽菌(Cg)侵染过程中,MiE2F4、MiE2F5、MiE2F6的表达量显著上调。茉莉酸甲酯(MeJA)胁迫处理下,MiE2F7表达量显著上调,其余基因均下调,水杨酸(SA)胁迫处理下,从6h开始,各个基因的表达量都在逐步上调。以上研究结果,可为探究杧果E2F/DP基因参与的植物防御反应机制奠定基础。
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