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自2008年以来我国多次爆发公共卫生事件，对人民的生活和工作带了极大的困扰，也对公众健康造成了重大损失。近年来随着我国对于公共卫生事业的关注不断增加，给基层疾控机构带来了巨大的压力，其中基层疾控机构的日常工作中科技档案的管理变为了关注的焦点。如何建立有效的科技档案管理体系，保证档案的完整性和时效性，为基层疾控工作的开展做出强有力的信息资源保证，成为了议论的热点。本文将具体分析现在基层疾控机构科技档案管理工作中所存在的一些问题，并且提出有效的应对措施，为我国基层疾控机构的稳定有效发展做出有效的保证。