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江苏省盐城市盐都区农科所水稻育种工作开始于20世纪70年代初，历经系统选育、杂交选育、三系杂交自我配套三个发展阶段，对促进江苏省乃至我国南方稻区的农业生产做出了较大贡献。目前，已初步形成了以常规中粳为基础，三系杂交粳稻、三系杂交籼稻为突破口的全方位发展格局。当前，针对水稻品种结构调整的新思路，以及优质稻米产业化开发的不断升级，在整个水稻育种研究策略上，该所继续保持其特色和地位。