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对于是否应当构建公海保护区,各国存在较大分歧。该问题的关键在于如何理解公海自由与公海保护区的关系。从理念、内容和执行层面,两者的关系可以解读为自由秩序与全球治理的关系、习惯权利与条约义务的关系以及船旗国管辖权与沿海国管辖权的关系。通过对这三个层面的分析可以发现,公海自由与公海保护区之间是相互融合、相互促进和相互平衡的关系。这种关系一方面承认公海自由与公海保护区之间的确有矛盾,另一方面也表明矛盾发展的结果将形成一种公海生物多样性养护与可持续利用的新秩序。如果能够以发展的观点看待两者关系中的矛盾,那么就应当支持公海保护区的构建。