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天然产物小分子与蛋白质相互作用的研究对于天然产物的功能研究有着非常重要的意义。作为一种快速而低成本的手段,基于分子动力学模拟的方法正在受到越来越多的重视,而基于蒙特卡洛分子动力学模拟的算法是其典型的代表。本文详细的阐述了基于蒙特卡洛分子动力学模拟的算法在天然产物小分子与蛋白质相互作用中的应用。