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全球导航卫星系统为电离层闪烁测量提供了一种有效手段。多系统多模观测、高频率采样使得GNSS电离层闪烁观测原始数据量巨大,有效的数据处理及数据质量控制是进行电离层闪烁事件识别、参数估计的重要需求。介绍了GNSS电离层闪烁数据处理的基本流程,针对数据处理流程中的主要步骤,提出了针对性的数据处理和数据质量控制方法,并利用实测的GNSS闪烁数据对提出的方法进行分析验证,结果表明了方法的有效性。