我国国家自主创新示范区是高新技术企业的聚集地,也是我国核心技术的发源地。文章选取三大高新示范区2013—2016年深沪两市A股上市公司为样本,结合中关村、张江、深圳三个自主创新示范区特点及示范区内无形资产结构、专利权结构等研发成果特征,从创新创业环境、产业重心、研发质量、研发能力等方面对比分析了三大自创区的研发创新特征。研究结果发现,中关村自创区的规模最大、政策制度最为完备、产品服务的扩展性强,但存在软件类无形资产比重低、研发创收程度低、外援产品依赖性强等问题;张江、深圳自创区则表现出发明类核心专利占比低、自创区内创新绩效评价体系不完整等突出问题。三大自创区共同表现出未能充分利用园区资源及地理优势、重点产业特色不鲜明,使用权类无形资产占比高的特点,"如何将核心技术掌握在自己手中"将是下一阶段我国突出技术重围要解决的首要问题。