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目的研究评价新医改以来综合医院服务体系运营效率。方法以广州地区二级以上综合医院为研究对象,运用DEA-Malmquist指数法分析其全要素生产率及其分解因素的变化趋势。结果新医改以来,全要素生产率及技术效率、纯技术效率和规模效率均有一定程度提高,而技术进步却下降。三级医院全要素生产率大于二级医院;公立医院全要素生产率大于民营医院;除高校办医院外,其他举办主体医院全要素生产率并没有提高。结论新医改以来,广州地区综合医院运营效率变化是不平衡的。