生态环境损害赔偿磋商作为生态环境损害赔偿制度中特有的机制，推动了环境管理、生态修复等有效性的提高。但作为一项新机制，在司法实践和学术研究上不可避免地出现了一些争议，如对于磋商的法律性质问题就有民事、行政、民事和行政双阶层等不同看法，对于磋商的法律构建却鲜少有系统的论证。本文将通过对行政协议、民事协议等磋商相关内容进行分析，基于对磋商的法律性质进行思辨研究后发现，生态环境损害赔偿磋商实质上仍未脱离民法性质，只不过由于赔偿权利人的特殊性导致了从表面上看其似乎是行政行为的假象。因此，在明确其民事性质的基础上，基于现有相关法律条文规定，结合地方性的司法实践与探索，对磋商进行系统性分析论证，从磋商的原则、主体、范围、程序、救济途径和惩罚措施等六个方面，构建磋商机制，力求完善现有生态环境损害赔偿制度，为生态环境保护提供更有力的保障和理论支撑。