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目的基于全基因组测序结果,分析鼠伤寒沙门菌耐药表型和耐药基因的关系,研究其耐药发生机制和毒力因子。方法利用美国临床和实验室标准委员会（CLSI）推荐的微量肉汤稀释法对5岁以下腹泻患儿粪便中分离的321株鼠伤寒沙门菌开展药物敏感性试验,从中选择不同耐药表型的3株鼠伤寒沙门菌（S1:敏感;S2:TET耐药;S3:ESBLs阳性,10重耐药）进行全基因组测序,通过与抗生素抗性基因数据库（ARDB）和病原毒力因子数据库（VFDB）比对以及美国国立生物技术信息中心（NCBI）核酸数据库人工检索,对耐药基因和毒力基因进行注释。结果 321株鼠伤寒沙门菌对IPM和MEM均敏感,对TET和AMP的耐药率最高,分别为84.4%（271/321）和83.8%（269/321）,206株菌株显示为耐3类以上抗生素（64.2%,206/321）,11株CIP-CTX耐药株均为ESBLs阳性（3.4%,11/321）;全基因组测序结果显示,S1、S2和S3的全基因组大小依次为4 876 427、4 970 690、5 133 380 bp,预测编码基因数分别为4 825、4 936和5 082个,GC含量依次为52.18%、52.14%、51.87%;对S1、S2和S3基因组中18、20和32个耐药基因进行注释,除共有基因外,S2主要携带tet A和sul2基因,S3主要携带sul1/2/3、tetB、AAC（3）-IV、AAC（6’）-I、ANT（2″）-I、ANT（3″）-I、aph A1、blaCTX-M-14、blaOXA-1、catB3、cmle1和cmle3基因。与阳性鼠伤寒沙门菌株LT2的gyr A基因进行序列比对发现,S3 gyr A基因第87位密码子由GAC突变为AAC（Asp87→Asn）;分别注释S1、S2和S3基因组的130、129和120个毒力基因,发现主要以三型分泌系统和粘附因子为主。结论 5岁以下腹泻患儿粪便样品中鼠伤寒沙门菌耐药现象严重;全基因组测序分析发现耐药基因与耐药表型一致,且存在多种毒力因子;为后续开展耐药基因传播机制和菌株致病性研究,评估其对人群的健康风险,防控鼠伤寒沙门菌感染提供技术支持。