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目的
探讨不同可变数目串联重复序列(VNTR)组合鉴定MTB临床菌株分型的效果并在全国推广使用。
方法连续收集国内5个区县的891株MTB菌株样本,通过计算不同VNTR组合的分辨力指数(HGI),系统评估目前常用的VNTR分型组合,包括国外推荐的12个散在分布重复单位(MIRU)位点组合(MIRU–12)、15/24 VNTR位点组合(VNTR–15/VNTR–24)、24 VNTR位点加4个高变位点组合(VNTR"24+4")以及国内吕冰等建立的15位点组合(VNTR–L15)和本课题组筛选的VNTR"9+3"组合。
结果分辨力由高至低依次为VNTR"24+4"(0.999 2)、VNTR"9+3"(0.998 9)、VNTR–24(0.992 9)、VNTR–15(0.988 4)、VNTR–L15(0.970 9)、MIRU–12(0.924 8)。VNTR"9+3"的分型能力不仅超过VNTR–15,且高于VNTR–24,与分辨力最高的VNTR"24+4"组合分型结果一致的菌株数为822株,一致率达到96.6%(822/851)。
结论VNTR"9+3"的分辨力和分型结果均与VNTR"24+4"相当,且具有位点数少、工作量小,易于推广的优点。建议将VNTR"9+3"组合作为我国MTB基因型分型的推荐方案推广应用。